Oberstes Organ von Pro Velo St.Gallen Appenzell ist die Mitgliederversammlung, die einmal jährlich auf Einladung zusammenkommt. An der Mitgliederversammlung finden Wahlen statt, vergangene Aktionen werden ausgewertet, Anlässe bekannt gegeben usw. Der Vorstand trifft sich regelmässig zu Vorstandssitzungen.
Grundsätzlich wird angestrebt, Entscheide im Konsens zu treffen. Bei Dissens entscheidet die Mehrheit durch eine Abstimmung.
Ziel ist es, viele Aufgaben in entsprechenden Fachgruppen zu bewältigen und so aktiv Lösungen und Projekte zu lancieren.
Pro Velo St.Gallen Appenzell funktioniert als Regionalverband von Pro Velo Schweiz teilautonom. Sie unterliegt bis auf das Grundsatzpapier Pro Velo Schweiz keinerlei formalen strukturellen, finanziellen, oder politischen Vorgaben.
